В 1957 году в целях широкого привлечения преподавателей института к исследовательской работе и оказания им научно-методической консультативной помощи при выполнении кандидатских и докторских диссертаций в ИГМИ профессором С.С.Полтыревым была создана межкафедральная научная лаборатория. В связи с дефицитом квалифицированных кадров преподавателей основной задачей лаборатории в этот период стало выполнение экспериментальных разделов диссертационных работ сотрудников кафедр ИГМИ. В 1965 году она преобразована во внештатную ЦНИЛ. В её состав входили централизованные лаборатории: патофизиологическая с операционным блоком и рентгеновским кабинетом, патоморфологическая лаборатория, баролаборатория, лаборатория медицинской электроники, биофизическая и токсикологическая лаборатории. С 1967 по 1969 год ЦНИЛ руководил доцент Л.С.Горожанин, с 1967 по 1969 год - доцент Т.А.Салова.

В 1969 году благодаря усилиям администрации ИГМИ центральная научно-исследовательская лаборатория получила финансирование из бюджета. С 1969 по 1992 года происходило развитие ЦНИЛ, в штате появились научные сотрудники, приобретены приборы и оборудование для научных исследований. В этот период ЦНИЛ возглавляли, последовательно сменяя друг друга, с.н.с. В.С.Щербаков, с.н.с. Н.С.Фетисов, с.н.с. М.Б.Сазонов, доцент О.Я.Боксер, с.н.с. А.А.Миронов, с.н.с. С.И.Морев. На этом этапе наряду с выполнением диссертационных фрагментов комплексных НИР по заявкам кафедр ИГМИ развивались и собственные научные исследования ЦНИЛ. В это время  она стала основным научно-методическим центром института, на её базе в то время подготовлено и защищено более 30 диссертаций.

ЦНИЛ включилась в ряд крупных научных программ, охватывающих деятельность большинства кафедр ИГМИ, таких как:

•         "Влияние производственных факторов и условий труда на состояние здоровья женщин - работниц  текстильных предприятий"(1976 год).
•         "Выработка ряда мер по дальнейшей охране здоровья матери и ребенка"(1978 год).

15 июня 1991 года на основании приказа №156 "О создании в ИГМИ научно-исследовательского центра - НИЦ" возникла новая структура. Было принято решение об объединении ЦНИЛ, НИС, студенческого научного общества, отдела докторантуры, аспирантуры и клинической ординатуры, общества молодых ученых, центра метрологии и других подразделений в единую структуру - НИЦ. Руководителем НИЦ был назначен проректор по научной работе - доктор медицинских наук, профессор Рудольф Ростиславович Шиляев.

На базе самофинансирования  НИЦ начал выполнять фундаментальные, поисковые и прикладные исследования и разработки по приоритетным направлениям науки в соответствии с профилем подготовки специалистов в вузе.

С января 1999 года НИЦ руководил проректор по НИР, профессор С.Б. Назаров. С этого времени начаты приоритетные исследования роли оксида азота в норме и при заболеваниях  человека, к которым постепенно подключались сотрудники кафедр ИвГМА.

Впоследствии НИЦ возглавил профессор Акайзин Эдуард Семенович, который продолжил дальнейшее развитие хроматографических методик. Значительным вкладом Э.С.Акайзина в финансово-экономическое развитие академии явилось расширение сотрудничества ученых НИЦ с медицинскими центрами и предприятиями Ивановской области на хоздоговорной основе.

Следующим руководителем НИЦ стал Иванов Сергей Константинович, который большое внимание уделял модернизации морально устаревшего оборудования, обновлению материальных фондов. Им был обеспечен ремонт большинства помещений ниц и ЭБК с виварием. С.К. Ивановым была выработана стратегия развития НИЦ ИвГМА в новом столетии.

Сейчас НИЦ возглавляет Криштоп Владимир Владимирович, происходит интеграция НИЦ с внешними научно-исследовательскими структурами, коммерциализация научных исследований и формирование собственного направления научных исследований НИЦ.