Дополнительное профессиональное образование включает реализацию дополнительных профессиональных программ:

• профессиональной переподготовки;
• повышения квалификации. 

В настоящее время на факультете осуществляется подготовка слушателей по дополнительным профессиональным программам по врачебным специальностям и специальностям специалистов со средним медицинским образованием.

Прием слушателей на обучение по программам дополнительного профессионального образования в Академию регламентирован Приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации от 3 августа 2012 г. N 66н "Об утверждении Порядка и сроков совершенствования медицинскими работниками и фармацевтическими работниками профессиональных знаний и навыков путем обучения по дополнительным профессиональным образовательным программам в образовательных и научных организациях", Правилами приема на текущий год.

Циклы обучения реализуются в соответствии с дополнительными профессиональными программами и включают различные формы организации учебного процесса (лекции, практические занятия, семинары, симуляционные занятия и др.). При проектировании и разработке дополнительных профессиональных программ активно внедряются модульный подход к построению их структуры и компетентностный подход к формированию результатов обучения. На факультете проводится работа по внедрению и развитию непрерывного медицинского образования. Постоянно совершенствуются технологии преподавания, внедряются дистанционные образовательные технологии и  элементы электронного обучения.

Обучение осуществляется как в рамках государственного задания на бюджетной основе, так и на внебюджетной основе по договорм с юридическими или физическими лицаии.

По окончании обучения при условии успешного прохождения итоговой аттестации по дополнительным профессиональным программам слушателям выдаются документы установленного образца.