Общее руководство государственным бюджетным образовательным учреждением высшего профессионального образования "Ивановский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения  Российской Федерации осуществляет выборный представительный орган - ученый совет Ивановского ГМУ, избранный на 5 лет конференцией педагогических работников, научных работников и представителей других категорий работников и обучающихся университета. Деятельность ученого совета направлена на решение основных вопросов жизнеобеспечения и развития университетав целом и основана на гласности и демократии.