Отдельным (но неофициальным) подразделением кафедры является музей «Истории микроскопической техники и внутриутробного развития человека». Его организатором был профессор Н.И. Зазыбин. Он начал собирать коллекцию старинных микроскопов, а также формировать экспозицию влажных макропрепаратов эмбрионов и плодов человека. Некоторые экспонаты (модели микроскопов, эмбриологические муляжи) делались студентами и самим Николаем Ивановичем. Полностью развернуть всю накопленную экспозицию не удавалось из-за тесноты помещений кафедры. В 50-70 годах объем музейного материала значительно увеличился. Его разместили в новых просторных учебных комнатах кафедры в основном здании ИГМИ. Удалось расширить экспозицию человеческих эмбрионов. Профессор Е.А. Кириллов большое внимание уделял сохранению и развитию музея, который стал уникальным явлением Всесоюзного масштаба. Такого объема экспозиций не имел ни один медицинский ВУЗ СССР.

В 70-80-ых годах экспозиция пополнилась действующей моделью микроскопа А.Левенгука (выполнена студентом Е. Карасевым под руководством проф. Ю.В. Погорелова, в настоящее время утеряна) и макетами микроскопов 18 - 19 веков, изготовленными из металла в заводских условиях по исторически достоверным чертежам (руководитель работы асс. С.Ю. Виноградов).

В дальнейшем эмбриологическая часть музея пополнилась экспонатами раннего фетального периода внутриутробного развития и врожденных пороков. В приготовлении новых влажных препаратов участвовали доцент С.В. Диндяев и ст. лаборант В.А. Юдина.

Во время пожара 1996 года музей был спасен благодаря самоотверженности и мужеству доцента С.В. Диндяева. По инициативе проф. Ю.В. Погорелова была оборудована и снабжена мебелью отдельная комната (в аварийном отсеке главного корпуса). Весь коллектив кафедры в 2001/2002 годах активно участвовал в реставрации, оформлении, составлении описи объектов музейного хранения и т.д. Особенно много для возрождения музея «из пепла» сделали доценты Л.А. Томилина, С.В. Диндяев, асс. И.Ю. Торшилова, старшие лаборанты Н.Н. Абалдова, В.А.Юдина.

18.10.2002 г. музей был торжественно открыт в отдельной (хотя и аварийной) комнате.Приказом ректора ему был придан официальный статус подразделения академии, назначены научный руководитель (проф. С.Ю. Виноградов) и смотритель (ст. лаборант Юдина). Музей приступил к активной научно-педагогической и просветительской работе. Его посетила не одна тысяча студентов, абитуриентов, слушателей подготовительных курсов, аспирантов, ординаторов, школьников специализированных классов, гостей академии. В центральной печати были опубликованы две статьи о значении эмбриологического музея в педагогическом процессе (С.Ю. Виноградов, Ю.В. Погорелов) и сделан научный доклад на Всероссийской методической конференции в РУДН (Ю.В. Погорелов).

К большому сожалению, при реконструкции главного корпуса в 2004 году уникальному музею не нашлось отдельного помещения. Сейчас (как и в прошлом) музей расположен в учебных комнатах. Это крайне нерационально и неудобно как для учебного процесса, так и для работы самого музея, но... .

Несмотря на значительные трудности за последние пять лет в музее проводились беседы и лекций учебного, научного и научно-популярного характера. Их тематика достаточно широка и актуальна: «Жизнь до рождения». «Тайны зарождения жизни», «Критические периоды внутриутробного развития человека», «Инкорпоративная беременность», «Вредные привычки и внутриутробные пороки развития», «История эмбриологии в портретах», «История микроскопа». Контингент слушателей - прежний: студенты, школьники, слушатели подготовительных курсов, гости академии. Всего музей посетило более 5000 человек. Лекции и беседы проводили: профессор С.Ю. Виноградов, профессор кафедры С.В. Диндяев, доцент И.Ю. Торшилова, ст. преподаватель В.В. Криштоп. В книге отзывов имеется множество благодарственных записей.

В настоящее время в музее имеется более тысячи единиц экспозиций и хранения. Создана портретная галерея великих эмбриологов с их краткими биографиями. Изготовлены и выставлены фотопланшеты, посвященные основателям и руководителям музея. Экспозиция пополнилась несколькими новыми влажными препаратами плодов (следствия абортов), начата работа по формированию экспозиции снимков УЗИ на разных сроках беременности.