Кафедра патофизиологии основана в 1931 году. Ее первым заведующим и организатором был Яков Федорович Бродский. Я.Ф.Бродский после окончания  медицинского факультета Киевского университета (1910г.) работал земским врачом, старшим врачом полка (до 1917 г.), а затем – ассистентом кафедры патологической физиологии Ростовского медицинского института.

Вначале занятия по патофизиологии проходили в 2-х этажном здании на Республиканской улице (ныне – проспект Ленина). Вскоре кафедре было выделены отдельные помещения в части бывшего особняка фабриканта на Рабфаковской улице, которые с большим трудом и благодаря энтузиазму коллектива были приспособлены для занятий.

Первыми ассистентами кафедры были К.К.Леонов, М.С.Козиоров, Ф.А. Плонский (в то время ректор института, который стал в последующем первым доцентом кафедры), Ю.И.Меламед.

Учебная работа являлась ведущей с момента организации кафедры.

В 1940 году кафедра переехала в помещения З-го этажа нового главного здания института (в крыле по ул. Негорелой,  ныне Советской). На кафедре с первых дней ее основания помимо учебных занятий широко развернулись и научные исследования. Они были посвящены экспериментальной разработке проблемы всасывания из плевральной полости (Я.Ф.Бродский), эмболии (К.К.Леонов), экспериментальному туберкулезу щитовидной железы (М.С.Козиоров). Великая Отечественная война 1941-45 гг. побудила коллектив кафедры заняться проблемами, которые диктовались неотложными требованиями военной медицины. В эти годы научные сотрудники занимались изучением проблемы шока, вопросами консервации крови и плазмы. Научным руководителем всей работы был проф. Я.Ф.Бродский. В научной разработке принимали участие ассистенты К.К.Леонов, М.В.Комендантова, И.П.Пономарев и аспирант А.В.Соколов. Тема диссертации А.В.Соколова: «К вопросу о роли болевого раздражения и токсемии в происхождении вторичного травматического шока». С 1945 года на кафедре проходил аспирантуру участник войны И.С. Серебрянников. Его научные исследования были посвящены также  проблеме шока. В 1949 г. он защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Рефлекторный пептонный  шок».

Материалы данных  исследований были обобщены в 5-ти диссертациях и 10-ти научных работах.

В 1946 году была принята в аспирантуру И. В. Озмидова, которая в 1950 году защитила кандидатскую диссертацию по теме: «Острое пептонное отравление». И.В.Озмидова работала на кафедре в должности ассистента до ухода на заслуженный отдых в июле 1977 года.

Особо следует отметить М. С. Козиорова, который прошел на кафедре путь от ассистента до профессора, заведующего кафедрой патофизиологии (1950-1956 гг.) после ухода Я.Ф.Бродского на пенсию. М.С.Козиоров работал на кафедре со дня ее основания. В начале 1941 года он защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Экспериментальный туберкулез щитовидной железы», а 28 июня 1941 года отправился в действующую армию. В 1945 году Моисей Соломонович возвращается в институт и утверждается в должности доцента кафедры. В 1958 году доц. М.С.Козиоров защищает докторскую диссертацию на тему: «Особенности в проявлении терморегуляторной сосудистой реакции и их применение при закаливании».

В это время (1950-1956 гг.) научная работа кафедры была посвящена изучению приспособительных и компенсаторных реакций организма на термические воздействия: работы к.м.н. Н.Н.Калашниковой, Е.М. Чунаевой; канд. диссертация Т.А.Саловой: «О состоянии физической терморегуляции  непосредственно после экспериментально вызванного повышения температуры тела».

В период с 1957 по 1965 годы кафедру возглавлял профессор Савелий Соломонович Полтырев (одновременно он был проректором института по научной работе). В этот период  научные исследования, в которых активное участие принимали сотрудники и других кафедр, были особенно интенсивными. По их результатам, посвященным закономерностям нарушений функций внутренних органов, под руководством проф. С.С.Полтырева было опубликовано за этот период две монографии, свыше 300 научных работ, выполнено 4 докторских и 22 кандидатских диссертации. В данное время успешно завершили обучение в аспирантуре Н.С.Бакулева (канд. диссертация «О роли печени в патогенезе анемий после резекции желудка») и  А.Н. Вазин  (канд. диссертация «Сравнительная характеристика некоторых вегетативных сдвигов и компенсация после резекции желудка методом Бильрот II и способом Куприянова-Захарова»). В дальнейшем он работал профессором кафедры анатомии в Горьковском медицинском институте и защитил докторскую диссертацию по нормальной анатомии.

Н.С.Бакулева после окончания аcпирантуры работала ассистентом, а затем доцентом кафедры до 1984 года, затем заведовала кафедрой физвоспитания и врачебного контроля.

Профессор С.С.Полтырев был инициатором введения новых практических занятий (по патологии пищеварения, нервной системы и т.д.). В это время вышли отдельными печатные лекции по ряду разделов патофизиологии.

С 1965 по 1968 годы кафедру вновь возглавлял профессор М.С.Козиоров (в связи с переходом на работу проф. С.С.Полтырева в Ярославский педагогический институт).
Кроме заведующего кафедрой, учебный процесс в это время осуществляли, ассистенты Н.Н.Калашникова, И.В.Озмидова, С.А.Родина, А.Л.Бурмистрова, Н.С.Бакулева. В эти годы после окончания с отличием педиатрического факультета в аспирантуре обучалась Г.Н.Кашманова (1966-1969 гг.). После успешной защиты (1969 г.) кандидатской диссертации на тему: «Об особенностях развития  экспериментальной  пневмонии и пневмоторакса в тренированном  организме»,  она осталась работать на кафедре: сначала в должности ассистента, затем доцента (с 1984 г.). В 1968 году обязанности заведующего кафедрой были возложены на доц. Салову Татьяну Александровну. С 1968 года начал работу на кафедре А.Ф.Богомолов. Его кандидатская диссертация на тему “Гипертрофия легких и изменение потребления кислорода при адаптации к гипоксии” была защищена в 1978 году. А.Ф.Богомолов работал ассистентом кафедры до 1982 года.

С 1976 года кафедрой заведует профессор Ю.В.Николаенков, одновременно работавший с 1971 по 2007 г. проректором по учебной работе. За это время выпущены методические указания для преподавателей  по самостоятельной работе студентов, по всем разделам курса, методические пособия. В учебный процесс, кроме традиционных методов проведения занятий, введен текущий и заключительный тестовый контроль, решение ситуационных задач. С 1991 года часть занятий проводится в компьютерном классе, который использовался вначале только для тестового контроля знаний студентов, а затем начато внедрение обучающе-контролирующих программ по моделям патологических процессов, компьютерных демонстраций (по патологии крови).

 С 1983 по 2001 год ассистентом кафедры работала Е.Н.Комягина. С 1988 по 1994 год в должности ассистента был П.Н.Гуськов. После окончания целевой аспирантуры в РГМУ (г. Москва) и защиты кандидатской диссертации ассистентом кафедры с 1993 по 2000 год стала Н.Е.Журавлева, а затем с 2004 года после окончания докторантуры в РГМУ и  защиты докторской диссертации на тему: « Апоптоз лимфоцитов в механизме развития атопической бронхиальной астмы и влияние на него специфической иммунотерапии» работает профессором кафедры. Большую помощь в проведении учебных занятий и научных исследований оказывали и оказывают лаборанты с многолетним стажем работы на кафедре Т.А.Толилова, Н.К.Чернышева, Н.А.Котова, Н.М.Максимова, Л.В.Лапина, Н.П.Зимина.

В январе 1999 кафедра патофизиологии переехала на 4-й этаж реконструированного корпуса по ул. Пушкина, 20.

Принципиально новым явилось, начиная с 1995-96 учебного года, преподавание патофизиологии в клинике (асс., к.м.н. С.В.Ионова) студентам З-го курса, а затем 6-го курса, а с 1999 года интернам и ординаторам (асс., к.м.н. И.В.Борисова,. асс, к.м.н. С.А.Сакова). С 2006 года на кафедре работает ст. преп., к.м.н. Е.Е.Дьяченко.

 В последнее время кафедра принимала участие в проведении на старших курсах элективных модульных циклов по проблемам  «Бронхиальная астма», “Сахарный диабет”. На кафедре большое внимание уделяется созданию электронных обучающе-контролирующих программ и компьютерных работ виртуального практикума (71% от общего числа практических занятий).

 В 2001 году в состав кафедры был включен курс иммунологии (проф. Н.Ю.Сотникова, доц. В.С.Авдеева, доц. В.А. Купцов, с 2009 года - доц. Г.И.Севастьянова).

 В научном плане коллектив кафедры многие годы разрабатывает проблему течения патологических процессов на фоне измененной реактивности. В частности, изучалось влияние гипокинезии на реакцию организма на гипобарическую гипоксию, на течение эксперименальной пневмонии, инфаркта миокарда, экспериментальной анемии.

С 1985 года сотрудники кафедры во главе с заведующим кафедрой проф. Ю.В.Николаенковым включились в изучение проблемы использования ферромагнитных жидкостей в медицине. Исследования проводились в творческом содружестве с Всесоюзным Онкоцентром АМН СССР, Московским НИ онкологическим институтом им. П.А.Герцена, ИЭИ им. В.И.Ленина. Ю.В.Николаенковым разработан способ и устройство для лечения патологии желудочно-кишечного тракта с использованием ферромагнитной жидкости. Способ испытывался в лечебных учреждениях городов Москвы, Иванова, Владимира.

На протяжении ряда лет кафедра вела большую работу по хоздоговорной тематике. С 1972 г. проводилась хоздоговорная НИР по теме: «Санитарно-химическая и токсикологическая оценка новых образцов искусственных кож, резин и пленочных материалов». С 1993 года на кафедре велись исследования по экологической патофизиологии: выполнялся фрагмент комплексной хоздоговорной научно-исследовательской работы: комплекса оздоровительных мероприятий для детей, проживающих в экологически неблагоприятных районах и оценка их эффективности” совместно с кафедрой общей гигиены и гематологической лабораторией НИЦ. Кроме того, проводятся исследования по государственной программе “Экологическая безопасность России” с целью разработки и оценки эффективности экологического мониторинга по профилактике и реабилитации здоровья населения, проживающего в неблагоприятных экологических районах”.

Научный студенческий кружок был организован на кафедре в 1933 году.