Основная задача отдела обработки и комплектования литературы - формирование наиболее полного фонда библиотеки в соответствии с направлениями учебной, научной и гуманитарно-просветительской работы вуза и информационными запросами читателей. 

В обязанности специалистов отдела обработки и комплектования входит: выявление, отбор, заказ и получение документов, их учет, научная и техническая обработка поступивших изданий и их передача в отделы фондодержатели, исключение документов, организация каталогов на традиционных и электронных носителях, планирование и отчетность.

Необходимая для пополнения фонда литература приобретается на основе регламентирующих документов отдела, государственных стандартов, нормативных документов Министерства образования.

На основании данных, полученных в подразделениях вуза и библиотеки,  в отделе  ведется мониторинг книгообеспеченности учебных  дисциплин. С 2012 г. при подсчете учитывается литература из электронно-библиотечной системы «Консультант студента». Приобретение учебной литературы осуществляется  по заявкам кафедр.

Основными партнерами  библиотеки в комплектовании фонда являются ведущие издательства медицинской литературы, такие как «ГЭОТАР-Медиа», «Ассоциация «Медицинская литература», «Спец-Лит», «МЕДпресс-информ» и др.  

Фонд библиотеки пополняется  справочной, энциклопедической, учебной и научной литературой, монографиями, сборниками трудов  преподавателей академии, методическими изданиями. Большое внимание уделяется комплектованию фонда  документами на электронных носителях информации.

Отдел комплектования осуществляет подписку на периодические издания медицинской, общественно-политической, библиографической и досуговой направленности.

Весь процесс комплектования и обработки литературы, начиная с заказа, автоматизирован. На сегодняшний день отдел оснащен компьютерной техникой и современным программным обеспечением.