Педиатрический факультет ИГМИ был организован в 1935 году на базе института Охраны Материнства и Детства, директором которого была Валентина Васильевна Шифнер.

Первым профессором-педиатром был Борис Павлович Аполлонов, который приехал из Ростова-на-Дону и с 1935 года возглавлял все три педиатрические кафедры, которые располагались на улице Ермака (ранее база факультетской педиатрии). Одновременно Борис Павлович был бессменным деканом факультета.

В 1961 году произошло разделение педиатрических кафедр, и госпитальная педиатрия стала самостоятельной кафедрой на базе Детской клиники 1 городской больницы на 75 коек. Заведовала кафедрой Анна Николаевна Карлова. Коллектив в то время состоял из шести ассистентов: Анны Дмитриевны Хелевиной, Нонны Алексеевны Лаврищевой, Руфины Ивановны Стоюниной, Галины Ивановны Масленниковой, Александра Александровича Солнцева, Альбины Геннадьевны Рывкиной, трех клинических ординаторов и двух лаборантов.

Основными проблемами кафедры, над которыми работал коллектив в течение многих лет, являлись патогенез пневмонии у детей раннего возраста и ревматизм.

С 1969 года в связи с уходом на пенсию профессора Анны Николаевны Карловой, обязанности заведующего кафедрой были возложены на ассистента, а затем доцента Нонну Алексеевну Лаврищеву.

Базами кафедры, кроме детской клиники 1 городской больницы на 75 коек, стало детское отделение железнодорожной больницы и детское отделение 7 городской больницы (с 1968 года), детские поликлиники № 3, 5, 6, 7, роддома № 1, 2, 4, Дом ребенка № 2, детские ясли № 33. Количество ассистентов увеличилось с 6 до 8. На кафедру пришли Ида Федоровна Бровкина и Фаина Петровна Козлова.

С 1969 года кафедра стала организационно-методическим центром по проведению интернатуры в Ивановской и Владимирской области и на протяжении всех последующих лет подготовка интернов является одним из важных разделов работы кафедры.

С 1970 года была организована субординатура, что потребовало от коллектива кафедры коренной реорганизации учебного процесса на всех педиатрических кафедрах. В соответствии с новыми требованиями был полностью пересмотрен и заново подготовлен план лекций для  субординаторов, на всех педиатрических кафедрах принята единая методика проведения практических занятий. Для чего только за первый год организации субординатуры было проведено несколько межкафедральных методических совещаний. Великолепным подспорьем в подготовке педиатров стало открытие в ОКБ специализированных детских соматических отделений.

С 15 марта 1972 года основной базой кафедры становится Детское отделение (4 корпус) Областной больницы на 200 коек. На сотрудников кафедры была возложена ответственная и сложная задача - создание единого коллектива, способного решать все организационно-методические, лечебные, консультативные, педагогические вопросы, направленные на улучшение детского здравоохранения области.

Важным звеном в становлении врача-педиатра было проведение научно-практических конференций. 

Считая своей основной задачей подготовку высококвалифицированных врачей-педиатров, коллектив кафедры постоянно совершенствовал учебный процесс.

Результатом плодотворной работы может служить итог подготовки педиатров за 10 лет (1969-1978 гг.), когда было выпущено 1646 врачей, из них 89% сдали экзамены на «хорошо» и «отлично». Результат хорошей подготовки врачей подтверждают и письма благодарности приходящие в институт.

В совместной работе с органами здравоохранения коллектив постоянно занимался вопросами повышения  квалификации врачей города и области. На базе кафедры была организована очно-заочная ординатура для врачей города Иваново, которую закончили 34 врача, с 1972 года, очно-заочная ординатура для врачей города Шуи, которую закончили 17 педиатров. Всего подготовлено 61 ординатор, из них 2 работали главными педиатрами области, 8 стали ассистентами в ИГМИ, 16 заведующими отделениями, остальные работают старшими педиатрами.

С 1973 года сотрудники кафедры стали кураторами детских лечебных учреждений районов области, всего за кафедрой были закреплены 5 городов области и 3 района. Они осуществляли плановые выезды 3-4 раза в год, проводя большую консультативно-методическую работу. Сотрудники кафедры проводили обходы больных, разбор особо сложных случаев, устраивали научно-практические конференции по актуальным вопросам педиатрии. С 1975 года количество консультаций, проводимых преподавателями кафедры, составило более 1000 в год. Ежегодно преподавателями кафедры проводится анализ смертности детей в районах области, заведующий кафедрой или доценты участвовали в работе комиссии при Облздравотделе по разбору детской смертности. 

 Ассистенты ежемесячно дежурили по санитарной авиации. В периоды эпидемий гриппа клинические ординаторы, интерны, субординаторы, работали в качестве участковых врачей в поликлиниках. 

На базе областной больницы регулярно проводятся циклы усовершенствования врачей. В 1974 году коечный фонд кафедры пополнился еще на 60 коек за счет отделения патологии новорожденных. Занятия на базе 5 городской больницы по неонатологии проводит бессменно к.м.н. доцент А.Г. Рывкина.

Коллектив кафедры успешно продолжал работать над проблемой ревматизма у детей. Результатом изучения патогенеза ревматизма, состояния реактивности явилось внедрение в практику таких методов исследования как определение С-реактивного белка. Фракционной реакции оседания эритроцитов, исследование белковых фракций, стойкости кожных капилляров, 17-КС и ОКС, лимфоцитограммы и иммуноглобулинов.
В этот период на кафедру приходят новые преподаватели: Ратманова Галина Алексеевна, Лебедева Светлана Александровна, Мухина Алла Петровна, Ломосков Виктор Алексеевич, Мягкова Елена Александровна, Дикая Надежда Алексеевна, Прохорова Маргарита Сергеевна, Чемоданов Вадим Владимирович, Коньшина Римма Ивановна, Панфилова Анна Владимировна, Копилова Елена Борисовна, Мальков Александр Васильевич, Русова Татьяна Валентиновна, Павлова Ольга Леонидовна, Рыжкова Надежда Константиновна.

С осени 1974 года кафедрой заведует доцент Евгений Викторович Путинцев, а коллектив кафедры вырос до 16 человек. С приходом Е.В. Путинцева основной научной проблемой кафедры стало изучение бронхолегочных заболеваний у детей. Сотрудники кафедры участвовали в разработке комплексной темы по этой проблеме. Была создана новая электро­физиологическая лаборатория и значительно расширена биохимическая лаборатория. Сотрудники кафедры активно принимали участие в выполнении хоздоговорных работ. Результатами этого явилось 18 рационализаторских предложений, издано 8 информационных писем и методических рекомендаций. На кафедре успешно работал научный студенческий кружок. Субординаторы стали выполнять обязательные учебно-исследовательские работы, которые представляли на Государственном экзамене. В 1979-1980 учебном году кафедра госпитальной педиатрии заняла первое место по наглядности обучения в ВУЗе и второе место по итогам социалистического соревнования. С 1979 года на базе кафедры госпитальной педиатрии и областной больницы стала функционировать городская «Школа здоровья», отмеченная серебрянной медалью ВДНХ. О ее значимости в профилактике заболеваний у детей Центральное Телевидение Советского Союза сделало репортаж, а сотрудники кафедры стали «звездами телеэкрана».

В 1976 году на кафедре впервые прошел конкурс на «Лучшего педиатра года» по инициативе доцента Лаврищевой Н.А. и вот уже более 35 лет ежегодно за это право борются лучшие студенты из лучших. 

Основными научными направлениями клиники в тот период являлись: вопросы детской ревматологии, оценка иммунного состояния и лечения неспецифических бронхолегочных заболеваний. По указанным темам сотрудниками клиники доцентами Р.И. Стоюниной и С.А. Лебедевой, ассистентами И.Ф. Бровкиной, В.А. Ломосковым, Г.А. Ратмановой были успешно защищены кандидатские диссертации. Научные разработки клиники послужили основой для внедрения в работу других детских отделений 25 новых диагностических и лечебных методов.

В эти годы по инициативе заведующего кафедрой Е.В. Путинцева был организован областной пульмонологический центр, что способствовало улучшению как лечебно-диагностической, так и организационно-методической работы по борьбе с бронхолегочной патологией в Ивановской области. Сотрудниками клиники, помимо научной и большой лечебной (свыше 3000 детей ежегодно получали высококвалифицированную помощь), проводилась значительная организационно-методическая и консультативная работа в районах области. Клиника так же являлась основной базой подготовки кадров врачей-педиатров. До 750 студентов ежегодно обучались здесь. Кроме них, десятки клинических ординаторов, интернов и слушателей факультета усовершенствования врачей повышали здесь свою квалификацию.

Признанием работы ивановских медиков по охране здоровья ребенка стал 7 Всероссийский съезд детских врачей, состоявшийся 29-30 июня 1987 года. Среди делегатов были видные ученые страны, действительные члены Академии медицинских наук СССР В.П. Бисярина и Н.Н. Нисевич, член-кореспонденты АМН Ю.Е. Вельтищев, В.А. Таболин, Н.С. Кисляк, Л.А. Исаева, крупные организаторы здравоохранения.

В связи с расширением специализированной помощи с 1973 года выросла роль и активность специализированных педиатрических секций (пульмонологическая и кардиологическая). В 1976 году по инициативе кафедры создано Областное пульмонологическое общество, объединяющее педиатров, терапевтов, хирургов. Председателем общества являлся доцент Путинцев Е.В.

Учитывая структуру детской смертности, из Областного педиатрического общества выделена секция физиологии и патологии новорожденного.
В период с 1986 по 1987 учебного года кафедру возглавляла доктор медицинских наук, заслуженный деятель науки РФ, профессор Философова Мария Сергеевна.

С осени 1987 года кафедру детских болезней возглавляет профессор Pудольф Pостиславович Шиляев, выпускник педиатрического факультета, впитавший традиции, заложенные профессором Б.П. Аполлоновым и профессором О.М. Лаго.

С приходом профессора P.P. Шиляева кафедра получила ускорение в своей работе. Увеличивается и омолаживается педагогический состав, использующий в своей работе лучшие традиции педиатрии. К этому времени база кафедры пополнилась клиникой «Мать и дитя» на 140 коек. Под руководством профессора Шиляева P.P. выполнены 6 докторских и более 30 кандидатских диссертаций.

Совершенствование педагогического процесса является повседневной заботой коллектива кафедры, лекции и практические занятия обсуждаются на кафедральных совещаниях, особая значимость придается овладению практическими навыками. На лечебных базах студентам стараются создать максимально возможные условия для отработки практических навыков. Итоги производственной практики всегда в центре внимания кафедры.

На кафедре детских болезней сформировались следующие направления педиатрической школы:

• Патологические отклонения микроциркуляции и их коррекция у детей раннего возраста при неотложных состояниях;
• Вегето-висцеральный синдромы у детей раннего возраста с перинатальным повреждением нервной системы;
• Диагностика отклонений в здоровье и их коррекция у детей младшего школьного  возраста.  

Признанием работы ивановских педиатров по охране здоровья ребенка стало  проведение на базе ИГМА Международного совещания по перинатальной технологии (1990 г.), Международной школы педиатров (1992 г.) с привлечением крупных специалистов из многих стран.
Кафедра активно занимается издательской деятельностью, выпущены учебные пособия «Болезни детей раннего возраста» (1996), а в 1998 году «Болезни детей старшего возраста». 

Памятуя традиции, коллектив кафедры делает ставку на индивидуальную работу со студентами. Лучшие студенты, составлявшие основу научного студенческого кружка (Виноградова Е.Е., Фадеева О.Ю.), в последующем продолжили научные исследования на кафедре. 

Сотрудники кафедры принимают активное участие в организации и обеспечении лечебно-диагностического процесса на клинических базах кафедры
Ежегодно в практику внедряются новые методы диагностики и лечения.

Накопленный опыт и научно-педагогический потенциал, которым сегодня располагает кафедра детских болезней педиатрического факультета ИГМА, является хорошей основой и гарантом качественной подготовки детских врачей и улучшения охраны здоровья матери и ребенка.

C января 2014 года кафедру возглавила профессор Вотякова Ольга Иннокентьевна.