Яков Львович Рапопорт окончил медицинский факультет Московского университета в 1922 г. и в течение 20 лет работал на кафедре патологической анатомии II Московского государственного медицинского института, занимая последовательно должности помощника прозектора, ассистента, доцента, профессора. В 1935 г. он защитил докторскую диссертацию на тему: «Роль неспецифической аллергии  в возникновении и локализации туберкулеза органов дыхания». В годы Великой Отечественной войны  он являлся главным патологоанатомом Карельского и 3-го Прибалтийского фронтов. После демобилизации в 1945 г. стал руководителем лаборатории сердечно-сосудистой патологии Института нормальной и патологической морфологии АМН СССР, который возглавлял академик А.И.Абрикосов. В 1958 г. Я.Л. Рапопорт был приглашен академиком А. Н. Бакулевым в Институт сердечно-сосудистой хирургии АМН СССР, где до 1973 г. руководил лабораторией патоморфологии, с 1973 года работал в должности профессора-консультанта этой лаборатории.

Научное творчество Я. Л. Рапопорта огромно и разнообразно, отражено в более чем 200 публикациях в отечественных и зарубежных изданиях, в прекрасном учебнике «Курс патологии», выдержавшем несколько изданий как в СССР, так и за рубежом.

Особую главу в исследованиях Я. Л. Рапопорта составляет патология сердца – миокардиты и кардиомиопатии. Он дает их систематику и клинико-морфологическую характеристику. К этим работам примыкают созданная совместно с академиком В. И. Бураковым патогенетическая систематика осложнений в кардиохирургии.  

С именем Я. Л. Рапопорта связано введение в отечественную медицину и разработка учения о патоморфозе. Правильность этого положения подтверждается сегодняшним состоянием медицины в России.

Яков Львович был не только талантливым ученым, но и талантливым педагогом, который передавал свои знания многим поколениям врачей и биологов. Он принимал активное участие в основании в 1935 году  журнала «Архив патологической анатомии и патологической физиологии» (в последствии «Архив патологии»), был также заместителем ответственного редактора отдела патологии и морфологии 2-го издания Большой медицинской энциклопедии.

На протяжении многих лет он являлся секретарём Всероссийского и Московского научных обществ, Московского общества трансплантологов и Всероссийского кардиологического общества.

Многолетняя научная, педагогическая и общественная деятельность Якова Львовича, его заслуги перед Родиной были высоко оценены: он награжден орденами Ленина, Отечественной войны II степени (дважды), Красной Звезды, многими медалями.